目前，地方排污许可第三方服务机构的管理总体处于探索阶段，大致分为以下四类做法。
规范第三方技术服务行为
为引导和规范排污许可第三方机构服务行为，各地从法规政策、廉政风险防范等方面开展了多种形式探索。
第一，建立排污许可第三方服务机构约束惩处机制。主要包括两类：一是制定明确处罚条款。如海南省规定技术服务机构弄虚作假的，由县级以上人民政府生态环境主管部门责令改正，并处所收费用一倍以上三倍以下的罚款。二是设置黑名单机制。如金华市武义区设立中介机构服务质量投诉电话，对存在弄虚作假、质量时限不合要求和乱收费等行为的列入黑名单，一年内不得承接县域范围内排污许可业务。
第二，设置排污许可第三方服务机构廉政风险防范机制。为防止第三方服务机构出现“既当裁判员又当运动员”情况，部分地方采取相关措施：一是在相关法规或政策文件中规定，接受生态环境主管部门委托进行技术评估的第三方技术机构，不得同时从事本行政区域内排污单位委托的与排污许可技术评估相关的技术咨询服务，如云南省。二是在管理部门招标公告或签订合同阶段设置相应条款，限制第三方机构服务行为，明确服务期内不得再承接标段范围内的有偿排污许可技术服务业务，如广东省等。三是签订廉政协议或廉政承诺，明确第三方排污许可服务廉政要求，如济南市、连云港市等。
开展第三方服务评价及结果公开
部分地方管理部门或行业协会出台排污许可第三方服务机构评价办法，在评价对象、评价内容及评价结果应用上各具特色。
一是建立服务质量考核评分制度。如湖州市南浔区要求排污许可第三方服务机构必须在开展业务前向属地主管部门提交备案，并实行年度差异化考评评价，对企业委托方的考核主要是排污许可内容日常审核、服务质量考核和质量抽查考核，对政府委托方的考核主要是审核质量考核和服务质量考核，并按照考核得分划分等级，定期在政府官网公布结果，接受公众监督。
二是开展第三方服务绩效评价。如北京市环境科学学会制定《北京市排污许可管理中第三方服务绩效评价指标体系及评价标准》，对排污许可成员单位实施绩效评价，涉及合同签订、人员能力及项目实施等方面，评价实行百分制，并设定具体评价标准。
探索第三方考核机制或信用管理机制
部分地方应用信用管理思路，探索排污许可第三方考核机制或信用管理机制，引导第三方机构提升服务水平与质量。
一是实行排污许可第三方填报质量考核通报机制。如常德市制定排污许可技术评估打分标准，对实行告知承诺制审批的项目及重点行业企业委托的第三方机构所填报的排污许可申请表进行考核打分，并采取不同的管理措施：评分90分以上的，予以通报表扬并优先发证；评分70分以下的，予以通报批评；针对填报管理类别错误、信息失实等情形，实行一票否决，予以通报批评。
二是建立排污许可第三方服务机构信用管理机制。如嘉兴市建立定期考核与日常监管相结合的考核机制，区分政府委托、企业委托两类评价对象，考核内容包括排污许可文件质量考核、服务质量考核，创新性设立个人从业能力认定、主管部门表扬及处罚、社会监督等附加考核项，评定结果定期向社会公开。其中，连续两年评定结果为D级的，相关信息计入信用记录，并纳入国家有关信用信息系统向社会公布。
三是依据不同评分及不规范行为情形实施分类惩戒措施。如上海市松江区对辖区内从事排污许可第三方服务机构实行分级分类管理，根据评分结果及检查发现的问题情形，采取书面告知、约见谈话、内部通报、负面清单、行政处罚等五类不同惩治措施。
发起排污许可第三方服务倡议
部分地方管理部门或行业协会积极行动，倡议排污许可第三方机构行业自律，以激发排污许可第三方服务行业的内生动力。
一是由地方管理部门发起倡议。部分地方管理部门主动作为，树立排污许可第三方服务“风向标”，如安徽省发布《环评和排污许可从业单位和人员“五倡导”》《环评和排污许可受聘专家“五做到”》等，倡导从业人员规范技术服务行为。
二是由行业协会引导行业自律。部分行业协会发挥桥梁纽带作用，引导行业健康良性发展，如佛山市南海环保产业协会等面向企业委托的第三方机构发起服务公约，内容包括服务企业、协助政府、守法遵章等，营造良好行业生态。